Im Jahr 1938 begann der Zerfall der Tschechoslowakei. Zunächst wurde am 30. September das Münchner Abkommen unterzeichnet, mit dem die Tschechoslowakei gezwungen wurde, seine Grenzgebiete abzutreten. Anschließend fingen die Deutschen am 15. März 1939 an, unseren ganzen Staat unter dem Vorwand zu besetzen, den Staat schützen zu wollen. Es entstand das Protektorat Böhmen und Mähren.
Als die Deutschen zum ersten Mal nach Blatná kamen, klebten sie überall Plakate mit der Aufschrift „Niemand darf hungern“ auf. In der Straße J. P. Koubka stellten sie eine Feldküche auf und begannen, irgendeine billige Suppe zu verteilen. Es kamen viele Menschen, um etwas umsonst zu bekommen. Diese Menschen wurden fotografiert und für Propagandazwecke genutzt, um die Okkupation der „hungernden“ Tschechoslowakei zu rechtfertigen. Ein paar Schritte weiter standen die älteren Eheleute Simandl, die relativ arm waren. Als die Frau zu den Deutschen gehen wollte um Essen zu holen wurde sie vom verärgerten Jóža Simandl zurückgehalten: „Wenn du zu den Deutschen um Essen betteln gehst, dann tue ich so, als ob ich dich nicht kennen würde.“ Sie kehrt in ihr Haus zurück und beobachteten gemeinsam ihre Nachbarn, wie sie eilig etwas zu essen holten.
Die Verhaftungen von Vertretern der tschechischen Gesellschaft begannen am 1. September 1939 nach dem Überfall Polens. Unter den Verhafteten war auch Emil Kohn, Bürgermeister der Jüdischen Religionsgemeinde in Blatná. Emil Kohn wurde am 13. September desselben Jahres in Buchenwald umgebracht. Mit der Zeit sind Juden noch mehr unter Druck geraten. Zunächst tauchten antisemitische Aufschriften auf Gebäuden auf, die bekannteste Aufschrift lautete: „Für Hunde und Juden Zutritt verboten!“ Anschließend wurden im Jahr 1942 27 Juden aus Blatná nach Theresienstadt deportiert, von dort aus fuhren die meisten in der Regel in das Vernichtungslager Auschwitz. Von den insgesamt 31 deportierten Juden wurden 27 in den KZs umgebracht.
Die deutsche Besatzungsverwaltung versuchte alles Tschechische zu beseitigen, was in den ersten Tagen durch die Änderung von Straßennamen deutlich wurde. Sie konzentrierte sich ebenfalls auf die Symbole der Ersten Tschechoslowakischen Republik wie z. B. die Freiheitsstatue, die ihren Helm und ein Kreuz verlor, welches den Soldatenfriedhof der Fremdenlegionäre darstellte. Im März 1942 haben die Deutschen die Glocken beschlagnahmt. Auch die heilige Barbora oder Klinkáč, die die Requisition im Jahr 1916 überlebten wurden beschlagnahmt. Vor der Abholung der Glocken wurde deren Klang auf eine Grammophonplatte aufgezeichnet, die dann bei Beerdigungen und Feiern abgespielt wurde.
Die Ära des Protektorats hinterließ in Blatná nicht nur Zerfall und Verderb, sondern auch ein neues markantes Bauwerk. Im Jahr 1942 wurde ein neues Sparkassengebäude am Ende der Straße J. P. Koubka fertiggestellt, dessen Form an eine Spardose erinnert. Nach dem Krieg wurde über dem Eingang ein Stadtwappen aus der Werkstatt des Bildhauers Jindřich Hildprandt befestigt.