Die erste Erwähnung von Blatná stammt vom 17. Februar 1234, als in einer Urkunde des Königs Václav I. in der Zeugenreihe Vyšemír z Blatné, Cousin des mächtigen Bavora ze Strakonic (Bawor von Strakonitz) figurierte. Dieses Adelsgeschlecht hatte einen Pfeil im Wappen. Für Vyšemírs Sitz, vermutlich eine Burg oder eine kleinere Burg, interessierte sich damals der Herrscher, weshalb sein Eigentümer Ende des 12. und Anfang des 13. Jahrhunderts eine steinerne romanische Kapelle und einen Palast an der Westseite der Burg bauen konnte. Von diesen Bauwerken überdauerten bis heute nur zwei Säulen aus Steinblöcken, die vor der Schlossbrücke aufgestellt wurden, der Kellerteil der ursprünglichen Kapelle mit zwei Fenstern, die vom Hof des Schlosses aus zu sehen sind und eine in die westliche Mauer des Rejt-Palast eingebaute romanische Ecke.
Ende des 13. Jahrhunderts übernahm Blatná Bavor III. ze Strakonic die Burg, dank ihm erfahren wir von der Existenz der Burg in einer in den Jahren 1280 – 1307 entstandenen Urkunde. Einige schrieben ihm auch die Errichtung der Kirche in Blatná zu, doch mit der Errichtung der Kirche wurde bereits in der ersten Hälfte des 13. Jahrhundert begonnen und die Bauarbeiten wurden im ganzen 14. Jahrhundert fortgesetzt. In derselben Zeit wurde die Burg in Blatná von Bavor III. oder Bavor IV. um zwei Gebäude an der Südseite (heute Rejt-Palast) und an der Nordseite (heute Bavor-Palast oder Alter Palast) erweitert. Der entstandene Burgkern mit steinernen Wohnpalästen wurde von einer Befestigung umgeben, die den Kern von der umfriedeten östlichen Vorburg trennten. Die Reste dieser Befestigung sind bis heute im Bereich der leichten Geländeerhebung zwischen den beiden Palästen zu sehen und auch das Portal in der Mauer des Rejt-Palasts ist sichtbar. Die ganze Burg wurde durch einen Wassergraben mit einer Fallbrücke umgeben.
Wir kennen weder das genaue Jahr, in dem die Bavoři ze Strakonice nach Blatná kamen noch das Todesjahr des letzten von Ihnen, Der Letzte des Bavor-Adelsgeschlechtes hat noch in den Jahren 1404 – 1407 die Vorburgsiedlung zur Stadt erhoben, wie einer späteren Urkunde von Zdeněk Lev Rožmitálu aus dem Jahr 1489 zu entnehmen ist.