Архитектурные элементы ризницы в северной части костела, выполненные в романском стиле, говорят о том, что это старинное здание было возведено еще в середине XIII века. В XIV веке к нему примыкал неф костела с ровным потолком и узкий пресвитерий. В 1414 году костел пострадал от пожара, что дало Зденеку Льву из Рожмиталя возможность заново возвести костел.
Ранее за основу бралась неверно расшифрованная надпись на победной арке внутри костела, согласно которой строительство нового пресвитерия датировалось 1444 годом. Дендрохронологическое исследование стропильной фермы подтвердило, что правильным является 1499 год. Ошибка возникла в результате того, что готическая цифра 9 была ошибочно принята за 4 из-за схожести этих цифр. Пресвитерий с сетчатым сводом был построен в ходе более поздних строительных работ между 1490 и 1499 годом. Ровный потолок в ризнице был заменен крестообразным сводом с сетчатым замковым камнем. Здесь также сохранился герб Баворов из Стракониц, который, возможно, говорит о существовании несохранившейся гробницы. Строительство продолжалось и с 1505 по 1510 гг., когда старый неф был разделен колоннами на два нефа, контурная стена была поднята и укреплена опорами. Граненые («бриллиантовые») своды с точки зрения архитектуры XVI века представляли собой прогрессивную технику, аналоги которой можно найти у ордена францисканцев в Гораждевицах и в костеле в Белчице. С 1525 по 1530 гг. в северной части нефа находился депозитарий, где хранились городские важные документы, богослужебное облачение и церковный инвентарь.
Блатенская дарохранительница была богато оснащена предметами из дорогих металлов. До сих пор сохранилась готическая статуя Вознесения Девы Марии, называемая «Ассунта», изготовленная около 1490 года. Около 1515 года статую заменила ее увеличенная копия, которая сегодня находится в нише главного алтаря. Богатство храма послужило соблазном для грабителей, и в 1518 году костел был ограблен. После этого двери в ризницу были обиты железом и установлен тройной задвижной замок.
Костел и его окрестности служили местом погребения усопших. Начиная с XII века распространение получило погребение без кремации и без погребальных даров, кроме так называемого обола (монеты) и розы с крестом, как показывает обширное кладбище в Радомышли, где находится 729 могил. В костеле в Блатне похоронены знатные особы, среди которых следует отметить Льва из Рожмиталя, который в 1465 году отправился из Блатны на самый край света во главе мирной делегации чешского короля Йиржи из Подебрад к европейским правителям. Его надгробная плита находится в северной стене пресвитерия, куда она была перенесена в начале ХХ века здешним священником Яном Павлом Хиллом.